Umsatzsteuerliche Organschaft: Warum jetzt der richtige Zeitpunkt ist, Ihre Konzernstruktur auf den Prüfstand zu stellen
Stellen Sie sich folgende Situation vor: Sie führen eine GmbH & Co. KG, halten daneben Anteile an einer Tochter-GmbH und rechnen interne Leistungen ohne Umsatzsteuer ab. Funktioniert seit Jahren reibungslos – weil zwischen Ihren Gesellschaften eine umsatzsteuerliche Organschaft besteht. Vermutlich, ohne dass Sie das jemals aktiv beantragt hätten.
Genau hier zieht der Gesetzgeber jetzt einen Schlussstrich. Mit dem Referentenentwurf des Jahressteuergesetzes 2026, den das Bundesministerium der Finanzen am 26. Mai 2026 vorgelegt hat, wird die umsatzsteuerliche Organschaft fundamental neu geordnet. Was sich nach trockener Verwaltungsreform anhört, ist in Wahrheit ein Paradigmenwechsel mit handfesten Folgen für jeden Mittelständler mit Tochter- oder Schwestergesellschaften.
Was ändert sich konkret?
Bisher gilt: Die Organschaft entsteht automatisch, sobald die drei Eingliederungsmerkmale erfüllt sind – finanziell, wirtschaftlich und organisatorisch. Aktives Zutun? Nicht erforderlich. Diese Automatik hat in der Praxis viel Streit produziert, weil Unternehmen über Jahre hinweg in einer Organschaft hängen, von der sie nichts wissen – mit allen Konsequenzen für Vorsteuerabzug, Haftung und Berichtigungspflichten.
Der Entwurf führt mit einem neuen § 2c UStG eine Antragslösung ein: Künftig entsteht die umsatzsteuerliche Organschaft nur noch dann, wenn der Organträger sie ausdrücklich beim Finanzamt beantragt. Geplantes Inkrafttreten ist der 1. Januar 2029, Anträge sollen bereits ab dem 1. Juli 2028 möglich sein. Wichtig: Ein freiwilliger Austritt ist nicht vorgesehen – die Organschaft endet erst, wenn die materiellen Voraussetzungen tatsächlich entfallen.
Ein zweiter Punkt ist mindestens genauso bedeutsam: Personengesellschaften werden ausdrücklich als mögliche Organgesellschaften aufgenommen. Damit reagiert der deutsche Gesetzgeber auf die EuGH-Rechtsprechung (C-108/14 und C-109/14) – und eröffnet zugleich neue Gestaltungsspielräume für klassische GmbH & Co. KG-Strukturen.
Warum das für Sie als Unternehmer wichtig ist
Die Organschaft ist kein technisches Detail. Sie bestimmt, ob konzerninterne Leistungen umsatzsteuerlich überhaupt sichtbar werden, wer die Umsatzsteuer schuldet, wie Vorsteuern aufgeteilt werden und – im Krisenfall – wer für wessen Steuerschulden haftet. Wer bisher unbewusst in einer Organschaft war, könnte ab 2029 plötzlich ohne dastehen. Wer bisher keine wollte, kann sie künftig aktiv vermeiden, indem er schlicht keinen Antrag stellt.
Drei typische Konstellationen, in denen sich der Blick lohnt:
- Klassische Holdingstruktur mit operativer Tochter-GmbH – häufig liegt hier längst eine Organschaft vor, die nach neuem Recht aktiv bestätigt werden muss.
- GmbH & Co. KG mit Komplementär-GmbH und mehreren Schwestergesellschaften – hier ergeben sich durch die Einbeziehung von Personengesellschaften neue Strukturoptionen.
- Unternehmen mit grenzüberschreitenden Lieferbeziehungen oder steuerfreien Ausgangsumsätzen, bei denen die Organschaft den Vorsteuerschlüssel maßgeblich beeinflusst.
Was Sie jetzt tun sollten
Bis zum 1. Januar 2029 klingt nach viel Zeit. Faktisch ist es das nicht: Wer seine Strukturen vor dem Antragsstichtag bewusst neu aufstellen will – etwa durch Anpassung von Beherrschungsverträgen, Geschäftsführerbestellungen oder Lieferbeziehungen –, braucht den Vorlauf. Drei Schritte empfehlen sich:
- Bestandsaufnahme: In welchen Ihrer Gesellschaftsverhältnisse liegt (möglicherweise) eine Organschaft vor?
- Strategische Entscheidung: Wollen Sie die Organschaft künftig haben – oder bewusst nicht?
- Umsetzungsplanung: Welche Verträge, Strukturen und Prozesse müssen vor 2029 angepasst werden, damit die gewünschte Lösung trägt?
Fazit
Der Wechsel vom Automatik- zum Antragsmodell ist die wichtigste Reform der Organschaft seit Jahrzehnten. Wer früh handelt, kann seine Konzernstruktur bewusst gestalten – statt sie 2029 vom Gesetzgeber neu sortiert zu bekommen. Genau das ist der Vorteil proaktiver Beratung: Sie entscheiden, was zu Ihrem Unternehmen passt, bevor andere es für Sie tun.
Sie sind sich unsicher, ob Ihre Gesellschaftsstruktur eine umsatzsteuerliche Organschaft begründet? Sprechen Sie uns an – wir nehmen die Lage gemeinsam mit Ihnen auf und entwickeln eine tragfähige Strategie für die kommenden Jahre.
Hinweis: Dieser Beitrag liefert allgemeine Informationen zum Stand 03.06.2026 und ersetzt keine individuelle steuerliche Beratung. Der Referentenentwurf des Jahressteuergesetzes 2026 ist noch nicht verabschiedet; Änderungen im weiteren Gesetzgebungsverfahren sind möglich.